COVID-19 : pourquoi la variante Omicron inquiète les scientifiques?
Les scientifiques ont détecté des cas d'une nouvelle variante du SRAS-CoV-2, qui est le virus qui cause le COVID-19, dans un certain nombre de pays. Omicron (B.1.1.529) présente un nombre sans précédent de mutations dans la partie de son génome qui code une section clé de sa protéine de pointe, que le virus utilise pour infecter les cellules hôtes. Cela suggère qu'Omicron peut être en mesure d'échapper à une partie de la protection immunitaire offerte par les vaccins, dont beaucoup sont basés sur la protéine de pointe d'origine, et les infections passées.
Le 16 novembre 2021, il y avait 136 cas de COVID-19 enregistrés quotidiennement en Afrique du Sud. Au 25 novembre 2021, ce nombre était passé à plus de 1 200.
Plus de 80% de ces cas se trouvaient dans la province densément peuplée de Gauteng, qui comprend Johannesburg et Pretoria.
Les chercheurs ont estimé que la valeur R, qui est le nombre moyen de nouveaux cas causés par chaque infection, était de 1,47 pour l'ensemble de l'Afrique du Sud.
Si R est supérieur à 1, une épidémie augmentera de façon exponentielle. Dans la province du Gauteng, R était de 1,93.
Les scientifiques du Center for Epidemic Response and Innovation (CERI) de Stellenbosch, en Afrique du Sud, pensent qu'une nouvelle variante du virus connue sous le nom d'Omicron (B.1.1.529) est responsable de ces chiffres inquiétants.
Il y a eu trois précédents pics d'infection en Afrique du Sud au cours de la pandémie, le troisième étant dû à la variante Delta. La dernière vague coïncide avec la première détection d'Omicron par des scientifiques.
Les scientifiques ont séquencé environ 100 cas confirmés d'infection à Omicron en Afrique du Sud. La plupart des cas se sont produits dans le Gauteng.
La nouvelle variante est également présente au Botswana, à Hong Kong, en Europe, au Canada, en Israël, au Japon, aux États-Unis et ailleurs.
Point de presse d'Afrique du Sud
"Le message principal aujourd'hui est qu'il faut connaître l'ennemi pour se battre", a déclaré le professeur Tulio de Oliveira, Ph.D., directeur du CERI, lors d'un point de presse virtuel le 25 novembre 2021.
Il a poursuivi en disant que le génome de la variante contient "une constellation très inhabituelle de mutations". Beaucoup d'entre eux sont confirmés ou prévus pour aider le virus à échapper au système immunitaire ou à augmenter sa transmissibilité.
Il a déclaré qu'il existe environ 50 mutations sur l'ensemble du génome du virus et plus de 30 dans la partie qui code pour son pic. C'est la protéine qui permet au virus d'envahir ses cellules hôtes.
Une partie particulière de la pointe appelée domaine de liaison au récepteur (RBD) se lie à un récepteur appelé ACE2Trusted Source dans la membrane des cellules humaines.
Le professeur Oliveira a déclaré qu'il y avait un nombre exceptionnellement élevé de changements au sein du RBD de la nouvelle variante.
Les anticorps qui se lient au RBD peuvent empêcher le virus d'infecter les cellules. Ainsi, le RBD est une cible cruciale pour les vaccins COVID-19, qui incitent le système immunitaire à fabriquer des anticorps contre des séquences protéiques particulières.
La variante bêta a trois mutations dans la partie RBD de son génome, et la variante Delta en a deux, a déclaré le professeur Oliveira. Cependant, selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, Omicron y possède 15 mutations.
La préoccupation parmi les scientifiques est que les changements dus aux mutations peuvent empêcher les anticorps, qui sont générés par la vaccination ou une rencontre avec une variante plus ancienne du virus au cours d'une infection, de neutraliser le virus.
Anticorps thérapeutiques
Le Dr Richard Lessells, Ph.D., spécialiste des maladies infectieuses basé au Centre africain d'études sur la santé et la population, a déclaré lors de la conférence de presse que le génome d'Omicron présentait plusieurs mutations associées à la résistance aux anticorps neutralisants.
Ceux-ci incluent non seulement les anticorps générés par la vaccination ou l'infection naturelle, mais également les anticorps monoclonaux thérapeutiques.
Le Dr Lessells a déclaré que le génome d'Omicron possède également un groupe de mutations associées à une entrée plus efficace dans les cellules hôtes et à une transmissibilité améliorée.
De plus, il présente une mutation associée à la résistance à la première ligne de défense du corps contre les agents pathogènes nouvellement rencontrés, connue sous le nom de système immunitaire inné.
"Toutes ces choses sont ce qui nous fait craindre que cette variante n'ait pas seulement amélioré la transmissibilité, se propage plus efficacement, mais puisse également contourner des parties du système immunitaire et la protection que nous avons dans notre système immunitaire", il a dit.
Cependant, il a souligné que l'effet combiné des mutations était inconnu. Il est même possible qu'Omicron provoque des symptômes plus légers que les variantes précédentes.
« On ne le saura vraiment qu'en faisant les études en laboratoire […]. [C]e travail est déjà en cours », a-t-il ajouté.
Une variante préoccupante
Le 26 novembre 2021, la source fiable de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) a désigné B.1.1.529 comme variante préoccupante et lui a donné le nom d'Omicron (la 15e lettre de l'alphabet grec).
Au cours des prochains jours, plusieurs pays du monde ont imposé des restrictions supplémentaires aux voyageurs revenant de pays d'Afrique australe.
Le Dr Daniel Griffin, Ph.D., virologue à l'Université Columbia à New York, a déclaré à Medical News Today que le nombre de changements dans la variante Omicron est très élevé par rapport aux variantes précédentes du SRAS-CoV-2.
Il spécule que la nouvelle variante peut avoir évolué chez un individu non vacciné avec un système immunitaire affaibli. Cela aurait donné au virus un temps inhabituellement long pour développer des adaptations au système immunitaire humain.
"Il n'est vraiment pas surprenant que cette variante soit maintenant décrite, car nous continuons d'avoir tant de régions du monde avec une faible couverture vaccinale, donnant au virus des millions d'opportunités de se répliquer et de sélectionner des variantes plus adaptées", a déclaré le Dr Griffin .
«Nous avons actuellement des données limitées sur ce virus, mais nous pouvons examiner certains des changements de protéines de pointe, et, sur la base de ce que nous savons de ce virus, il est très approprié de s'inquiéter de l'évasion immunitaire et des potentiels de remplacement de cette variante. la variante Delta », a-t-il ajouté.
Au cours des prochaines semaines, a-t-il déclaré, les questions critiques auxquelles les scientifiques devront répondre seront :
• Dans quelle mesure les différents vaccins fonctionneront-ils contre cette variante ?
• Quel sera son impact sur les taux de réinfection ?
• Omicron s'est-il déjà largement répandu ?
• Quelle est la fitness relative de l'Omicron par rapport à la variante Delta ?
Transmissibilité améliorée
Sharon Peacock, directrice du COVID-19 Genomics UK Consortium et professeur de santé publique et de microbiologie à l'Université de Cambridge au Royaume-Uni, a déclaré au Science Media Center de Londres que plusieurs changements dans Omicron sont compatibles avec une transmissibilité améliorée.
"Des mutations sont également présentes qui ont été associées dans d'autres variantes à l'évasion immunitaire", a-t-elle expliqué.
"Mais la signification de la plupart des mutations détectées, et la combinaison de ces mutations, n'est pas connue."
Elle a souligné qu'il n'y a actuellement aucune donnée sur la protection que les vaccins actuels offriront contre Omicron.
Cependant, une récente étude à petite échelle, qui n'a pas encore été évaluée par des pairs, ajoute de nouvelles informations sur l'efficacité du vaccin.
Une série de petites expériences avec le vaccin Pfizer-BioNTech COVID-19 a révélé une baisse de la protection contre la nouvelle variante Omicron.
Les chercheurs ont comparé les réponses immunitaires de six personnes qui avaient reçu le vaccin et de six qui ont d'abord développé COVID-19 avant de recevoir la vaccination.
Ils ont constaté que, dans l'ensemble, il y avait une réduction de 41 fois de la neutralisation contre Omicron. Cependant, cinq des participants, qui avaient tous développé COVID-19, ont maintenu « une neutralisation [niveaux] relativement élevée avec Omicron ».
L'étude suggère que les personnes qui ont eu COVID-19 avant ce vaccin sont susceptibles d'être mieux protégées. Les chercheurs s'attendent à ce que cela soit similaire pour les personnes qui ont reçu une dose de rappel.
Bien que les résultats soient inquiétants dans une certaine mesure, les scientifiques soulignent que regarder uniquement les anticorps brosse un tableau incomplet de la réponse immunitaire du corps au SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 – en particulier contre l'hospitalisation ou la mort.
Cependant, comme le conclut le professeur Peacock, « en attendant, la vaccination devrait continuer à se dérouler à un rythme soutenu. »