Les facteurs environnementaux qui peuvent influencer de susceptibilité à la maladie auto-immune forment une partie importante de la recherche biomédicale.
Les spécialistes ont établi qu'une relation inverse existe entre la prévalence de la maladie auto-immune et que des maladies infectieuses. Dans les régions où la maladie infectieuse est endémique, l'incidence de la maladie auto-immune est généralement faible et dans une certaine mesure, l'inverse de cela est également vrai. Certains chercheurs attribuent cette situation à l'absence d'exposition à des agents infectieux dans l'enfance, un concept connu comme l'hypothèse de l'hygiène. Cette théorie propose que le manque d'exposition à des micro-organismes et les parasites supprime le développement normal du système immunitaire et augmente donc la sensibilité aux maladies allergiques. Plus précisément, on croit que le manque d'exposition à causer des défauts dans la façon dont la tolérance immunitaire est établi.
Alors que certains la revendication hypothèse de l'hygiène pour être faux, des études ont montré que l'infection parasitaire est associée à une réduction de l'activité de processus auto-immuns. Un mécanisme proposé est que le parasite supresses réponse immunitaire de l'hôte comme un moyen de protection de soi et que cela se produit pour fournir également un avantage à l'hôte si elles ont une maladie auto-immune. Les façons dont le parasite est pensé pour atténuer la réponse immunitaire peut comprendre la perturbation des mécanismes de signalisation de la cellule de l'hôte et la production de substances ant-inflammatoires.
En revanche, la recherche a également montré une corrélation positive entre l'infection microbienne et les maladies auto-immunes. L'infection par la bactérie Klebsiella pneumoniae a été associés à la spondylarthrite ankylosante et l'état de l'infection le virus Coxsackie B a été liée au diabète de type 1. Ces agents infectieux sont pensés pour sécréter des antigènes super qui activent les lymphocytes B, qui se développent dans les cellules plasmatiques et produisent une gamme d'anticorps, dont certains peuvent cibler des auto-antigènes.
Certains produits chimiques sont connus pour être associés avec le développement de maladies auto-immunes. Un bien connaître exemple d'une telle maladie est le lupus érythémateux d'origine médicamenteuse. Le tabagisme est maintenant connu pour être un facteur de risque important pour le développement de la polyarthrite rhumatoïde.