Les microbiomes, des communautés d'organismes unicellulaires

Manifeste Microbial: Pousser mondial pour comprendre le microbiome (Kavli Table ronde)

Les microbes pourraient bientôt être en haut de la liste du grand scientifique du monde. L'année dernière, un consortium des scientifiques de 50 institutions américaines a proposé l '«Initiative du microbiome unifié," un effort national pour faire progresser notre compréhension des microbiomes, des communautés d'organismes unicellulaires tels que les bactéries, les virus et les champignons. 

Avec un accent unifié, les chercheurs espèrent apprendre microbiomes pourraient non seulement guérir les maladies infectieuses et de réduire la résistance aux antibiotiques, mais aussi de récupérer des terres agricoles épuisées, couper les engrais et l’utilisation des pesticides, et de produire de nouveaux carburants et produits chimiques à base de carbone.

Atteindre ces objectifs ambitieux, il faudra un effort tout aussi ambitieux pour développer de nouveaux outils et de collaborations, se fondant sur des percées dans l'analyse de l’ADN microbiens, des protéines et des métabolites. Ces analyses montrent que les communautés microbiennes peuvent être incroyablement diversifiées, y compris des centaines de milliers d'espèces microbiennes différentes, toutes en interaction avec l'autre. Dans l'intestin humain, ces microbes aident à la digestion, mais ils peuvent également avoir un impact à l' obésité, les allergies et même le développement du cerveau. Au - delà de notre corps, les microbes ontcréé l'atmosphère riche en oxygène de la Terre, et permettent la vie végétale et de l’océan à prospérer.

Alors que les outils d'aujourd'hui peuvent nous dire beaucoup de choses sur les molécules dans les communautés microbiennes, ils ne peuvent pas expliquer la fonction de ces molécules et comment ils permettent des micro-organismes à travailler ensemble. Seulement avec ce niveau de compréhension, seront des scientifiques en mesure d'exploiter microbiomes pour améliorer la santé humaine et l'environnement.

Récemment, la Fondation Kavli a organisé une Google+ Hangout sur le potentiel des microbiomes de la nature et de la façon dont nous pouvons exploiter. Les participants comprenaient: 

Janet Jansson est directeur scientifique de la biologie dans la Terre et de la Direction des sciences biologiques au Pacific Northwest National Laboratory (PNNL) et le plomb du secteur pour la recherche PNNL au Département des systèmes biologiques Division des sciences de l'énergie. Elle coordonne deux programmes de biologie de PNNL: les microbiomes en transition (MINT) visant à étudier comment le climat et les changements environnementaux influent microbiomes naturels et humains et l'Foundational Secteur d’intérêt scientifique DOE, Principes de la communauté microbienne de conception.

Rob Chevalier est le fondateur du projet Gut américain, un projet open-accès à l’enquête du microbiome du système digestif et son effet santé et le développement humain. Il détient des nominations à l'Université de Californie, San Diego école de médecine et Département d'informatique et de génie, où il développe des systèmes de bio - informatique pour classer et interpréter de grands ensembles de données biologiques.

Jeff F. Miller est directeur de l'Institut de Californie NanoSystems, un organisme de recherche pluridisciplinaire, et l'auteur correspondant de par le consortium des sciences du papier. Basé à l’Université de Californie, Los Angeles, Miller détient le président Fred Kavli en sciences nanosystèmes et est professeur de microbiologie, d’immunologie et degénétique moléculaire.

La Fondation Kavli: Alors, commençons par une question. Il y a eu une explosion cambrienne dans la recherche sur le microbiome. Il y a dix ans, microbiomes étaient à peine sur la carte. L'an dernier, 25.000 documents contenaient le terme. Pourquoi est-ce qui se passe maintenant? Est-ce simplement parce que nous pouvons lire l'ADN microbien, ou d'autres technologies rendant ce possible?

Jeff Miller : Il y a beaucoup de facteurs qui se sont réunis pour provoquer cette explosion d'intérêt. Un, certes, est la capacité à séquencer rapidement l’ADN. Et au cours des 10 dernières années, nous avons vu une progression des technologies qui nous permettent de caractériser lescommunautés microbiennes avec l’augmentation de la résolution et de lasophistication. Mais nous avons également rencontré de nombreux goulots d’étranglement le long du chemin. Et l’interprétation de cette énorme quantité de données séquencée est l' un de ces goulots d'étranglement. 

Rob Chevalier : Je suis d' accord. Je pense qu'il est vraiment la combinaison des outils de séquençage d'ADN obtenir beaucoup moins cher, et les outils de calcul, y compris les outils que nous avons développés, qui font de l'information beaucoup plus accessible à une large communauté d'utilisateurs. Je pense que ce que nous verrons à l'avenir sont des outils qui vont au - delà de la prise des inventaires des espèces ou des inventaires des gènes et au lieu de fournir beaucoup plus de perspicacité sur la façon dont fonctionnent ces espèces et des gènes.Mais cela va exiger beaucoup de développement supplémentaire de lafois le logiciel et la base de connaissances pour utiliser ce logiciel. 

TKF: Janet, avez-vous des pensées supplémentaires à ce sujet?

Janet Jansson : Oui. Avec le séquençage de l’ADN, nous obtenons desinformations sur la composition de microbiomes, mais il est également intéressant de savoir ce que ces microbes sont en train de faire. Par exemple, si nous pouvions comprendre leur composition protéique ou d'un métabolite, nous pourrions obtenir une meilleure compréhension de ce qu'ils font dans différents types d'habitats et à l’intérieur de notre corps. Il y a beaucoup de développements dans ces domaines, mais ces outils sont encore en retard les technologies de séquençage. 

TKF: Alors, avons-nous besoin d'un grand programme, une initiative Unified microbiome, pour développer ces capacités? Ne pourrions-nous construire sur les technologies existantes ou avons-nous besoin d'inventer radicalement nouveaux types de la science? 

Miller : La réponse probable est, « à la fois." Il y a certainement beaucoup de place pour les avances progressives conduisant à une meilleure technologie de séquençage et similaires. Mais nous avons aussi besoin des sauts quantiques dans le même temps. 

Le champ a progressé rapidement. Mais nous avons atteint un plateau qui a à voir avec les limites des technologies actuelles. Nous devons être en mesure de voir les communautés microbiennes où ils vivent, en temps réel. Nous voulons savoir ce qu'ils font. Quels gènes sont-ils expriment? Qu’est-ce que les protéines font-ils? Quels métabolites sont-ils synthétisent? Comment réagissent-ils les uns aux autres et leur environnement? 

Ensuite, nous devons être en mesure de prendre toutes ces données et les interpréter d'une manière qui nous permet de poser des questions et de formuler de nouvelles hypothèses que nous pouvons tester et falsifier ou prouver correct. 

Ce sont vraiment grands ordres. Ils vont exiger non seulement de nouvelles technologies, mais aussi l'entrée des collaborateurs dans l'ingénierie, la physique et la chimie, ainsi que les sciences de la vie, sciences de l'environnement, les sciences informatiques, et plus encore. 

TKF: Je suis curieux de savoir du côté de la science informatique de celui-ci. Rob, vous avez une nomination conjointe du département de l'école de médecine et de science informatique de l'UC San Diego.Est-ce un tel ordre de hauteur? Je veux dire, nous avons de grandes données. Allons-nous avoir besoin de quelque chose de plus?

Chevalier : Eh bien, le problème est que les grandes données et la magie ne sont pas tout à fait la même chose. Il y a beaucoup de progrès qui doivent se produire sur le côté de l’algorithme. En général, l'apprentissage automatique et les algorithmes génériques vous donnera un bon, mais pas idéal, réponse à une question scientifique particulière.Et plus d’informations vous pouvez mettre dans au début d'adapter ces algorithmes à votre problème spécifique, le mieux que vous allez faire. 

L'autre chose est que, même si nous produisons une quantité énorme de données, nous sommes toujours limités par la quantité de données qu’il n’est toujours pas assez et par notre capacité à interpréter. Le problème que beaucoup de gens sont confrontés à l'heure actuelle est qu'ils ont recueilli tellement d'informations de la communauté microbienne. Ils ont plus d'un millier d'espèces qu'ils ne comprennent pas. Ils énumèrent un million de gènes qu'ils ne comprennent pas. Ensuite, ils vont sur la mesure d'autres types de molécules en utilisant metatranscriptomics ou métaprotéomique ou métabolomique où, encore une fois, ils créent de très grands inventaires qu'eux aussi ne comprennent pas. 

Mais même avec toutes ces données, nous sommes toujours limités par le nombre d'échantillons, et par notre capacité à annoter et comprendre ces entités. Il y a un rôle énorme pour les deux algorithmes existants qui peuvent être appliquées de manière plus efficace que nous aurons plus de données, et fondamentalement nouveaux algorithmes ainsi que de nouvelles façons de l'informatique qui changent radicalement la façon dont nous pensons calcul lui-même. 

TKF: Une partie du défi est que nous avons besoin d'une meilleure façon de se rapprocher des habitants de la ville métaphorique je l'ai mentionné plus tôt. Il est comme si nous nous penchons sur cette ville de l'espace et essayons de comprendre les rôles des gens quand nous ne pouvons pas voir, même ces personnes, est-ce pas?

Chevalier : Il est un peu pire que cela. Vous volez là - bas dans votre OVNI, et vous venez de prendre un gros morceau de cette ville, broyer, regardez tout l'ADN et des produits chimiques, et d’essayer de donner unsens. Cela peut être un moyen efficace ou inefficace pour comprendre la ville. Vous obtiendrez une compréhension de certains des processus chimiques qui sont en cours, et certains des gènes qui sont exprimés.Mais tu ne vas pas à apprendre beaucoup de choses sur la sociologie ou la façon dont ces organismes communiquent.

Jansson : Oui, et une autre façon d'aborder ce problème est d'utiliser descollectivités modèles plus simples. De cette façon, si nous ne disposons pas des instruments et des outils de données pour faire face à ces communautés très complexes, au moins une communauté modèle qui nous permettra d’étudier les interactions spécifiques.

TKF: En d'autres termes, il est plus facile d'étudier quelque chose de beaucoup plus simple? 

Jansson : Oui, au moins pour l' instant. Communautés complètes sont quelques - uns des plus divers types d'habitats pour les micro-organismes sur la terre. Nous allons tellement de données, que nous ne sommes pas limités par la quantité de données que nous produisons, mais par notre capacité à traiter les données. Même avec lessuperordinateurs, il peut prendre des semaines, voire des mois, seulement de lancer toutes ces données dans nos ordinateurs. 

Chevalier : Avec tout le respect, je pense que nous sommes toujours desdonnées limitées parce que nous ne disposons pas suffisamment d'échantillons. 

Ainsi, il est comme si nous avions, disons, cinq photos, et nous les prenant à plus haute résolution et plus. Cela génère beaucoup de données, mais pas assez pour créer un film. Ce que nous avons vraiment besoin est, disons, 100.000 cadres. Et peu importe combien plus d'informations que nous obtenons sur le plus petit nombre d'images que vous avez, nous ne serons jamais en mesure de mettre ce film ensemble. 

Donc, ça fait beaucoup de ce que nous faisons face. À l'heure actuelle, il est si coûteux à traiter chaque échantillon, il est vraiment difficile d'obtenir suffisamment d'échantillons. Ceci est vraiment pourquoi nous devons être en mesure de lire les microbes beaucoup, beaucoup plus rapide, beaucoup, beaucoup moins cher. Et nous avons aussi besoin d'utiliser des techniques plus élevés et plus la résolution, pour obtenir ce film complet de la façon dont les interactions ont lieu. 

Jansson : Je suis d' accord que nous devons plus d’échantillons. Mais même alors, il est très difficile de traiter l'information à partir d’un échantillon. 

Miller : Exactement. En fait, nous savons que les fonctions de seulement environ la moitié des gènes que nous détectons dans ces communautés.De la demi nous pensons que nous savons, la quantité de mauvaise annotation et inappropriée contexte annotation, sont également importants. Nous essayons donc de mettre un puzzle avec seulement quelques - uns des morceaux. Et si vous regardez de petites molécules, cette situation est encore pire. Environ deux pour cent des métabolites qui se trouvent dans le plan de la communauté microbienne typique desstructures connues. Et seule une fraction de ces deux pour cent sont sur des voies biochimiques connues. Nous avons donc besoin de plus amples informations. 

TKF: Ces métabolites sont impliqués dans la digestion bactérienne.Sont-ils comment les bactéries communiquent entre eux?

Miller : Oui, comment ils communiquent, et comment ils acquièrent de l'énergie. Ils sont les déchets qu'elles libèrent, et les petites molécules qu'ils utilisent pour rivaliser avec d’autres microbes et d’interagir avec leur environnement. Et bien d’autres choses qui ont encore à découvrir. Ces petites molécules sont la langue des communautés microbiennes.

TKF: Obtenir une poignée sur tout cela ressemble à un projet de recherche imposant. Mais supposons que vous avez eu ces outils aujourd'hui. Qu'est-ce que vous souhaitez étudier? Jeff, vous étudier l'évolution des bactéries qui causent la maladie. Que feriez-vous avec ces outils?

Miller : Boy, grande question. Je pense que un domaine qui est premier pour le progrès - et certains progrès ont déjà été accomplis - est l'idée de prendre une communauté qui peut être un peu robuste, mais pas vraiment optimale pour son environnement ou de l’hôte et l’ingénierie afin qu'il a plus bénéfique propriétés et moins de propriétés non-bénéfiques. 

Faire cela nécessite vraiment une compréhension des principes écologiques qui régissent la composition de la communauté, la robustesse, la réponse aux changements, etc.. Donc, être en mesure de reprogrammer les communautés microbiennes est vraiment l'un de nos objectifs ultimes. 

Il y a différentes étapes le long de cette voie que l'on peut imaginer. Mais nous sommes justes à un stade très précoce de pouvoir le faire. Donc, si je devais choisir une chose à étudier, il serait de comprendre comment les communautés microbiennes sont construites assez bien pour permettre prédictif fiable, reengineering de ces communautés afin d'optimiser leurs fonctions. 

TKF: Très intéressant. Janet, je sais que vous collaborez sur le travail de microbiome humain. Mais vous avez aussi développé une réputation d'enquêter sur la façon dont les changements environnementaux affectent microbiomes dans le pergélisol en Alaska et dans le golfe du Mexique. Quels types de choses avez-vous appris et ce serait de nouveaux outils vous dire que vous ne connaissez pas déjà?

Jansson : Pour les études environnementales, nous voulons comprendre comment les événements, tels que le déversement de pétrole deDeepwater Horizon dans le Golfe ou le dégel du pergélisol due au réchauffement climatique en Alaska, est un impact sur les microbes et les processus qu'ils effectuent dans ces systèmes. 

Avec le déversement de pétrole du Golfe, nous avons eu des organismes qui ont été enrichis pendant le déversement, et qui ont été capables de dégrader l'huile. C'était donc intéressant, dans cette perspective. 

Dans le pergélisol, nous avons une énorme réserve de carbone qui est actuellement emprisonné dans cet environnement. Donc ce qui arrive à ce carbone comme le dégel du pergélisol et les micro-organismes commencent à devenir actif et dégrader le carbone? Vont-ils libérer beaucoup plus de dioxyde de carbone dans l'atmosphère et rendre le processus de réchauffement global pire? À un niveau très fondamental, nous avons besoin de comprendre ce que ces micro-organismes sont en train de faire.

TKF: Très bon. Je voudrais passer à quelques questions des auditeurs.Vous savez, microbiomes sont tout à coup dans les nouvelles, et plusieurs auditeurs veulent savoir sur les produits qui promettent d'améliorer notre santé et guérir certaines conditions en modifiant nos microbiomes. Rob, vous avez étudié l'intestin américain pour un certain temps maintenant.
Est-ce que nous savons assez sur microbiomes pour quiconque de faire ce genre de sinistre?

Chevalier : Oui, mais jusqu'à présent, qui est limitée à un très petit nombre de personnes. Par exemple, il y avait un très beau papier encellule par Eran Segal et Eran Elinav du Weizmann Institute of Science d'Israël. Elle a montré que sur la base de votre microbiome, vous pouvez prédire ce que les aliments auront des effets bons ou mauvais sur votre glycémie. L'inconvénient, jusqu'à présent, est qu'ils ne peuvent le faire que dans la population israélienne, où l'inventaire de l’aliment est un peu différent de ce que vous verriez dans les États-Unis, par exemple. Mais cette technologie est à l'horizon et l’amélioration très rapidement. 

En ce qui concerne les probiotiques vont, il n'y a pas beaucoup de preuves que les probiotiques améliorent la santé générale chez l'homme, bien qu'il y ait des données intrigantes chez la souris. D'autre part, il y a un bon nombre de probiotiques qui ont été cliniquement étudiés dans les essais contrôlés randomisés bien menées. Pour un certain nombre de conditions, comme, le syndrome du côlon irritable, la diarrhée post-antibiotique, et ainsi de suite, il y a des probiotiques spécifiques sur le marché qui ont été cliniquement validées. 

Cependant, il est un peu comme la drogue, où certains probiotiques sont bons pour des conditions particulières, mais pas quelque chose que vous devriez prendre en général. Et de la même manière que vous attendez pour les médicaments, la plupart des gens ne doivent pas prendre la plupart des probiotiques la plupart du temps, ou du moins pas ceux qui ont été étudiés jusqu'à présent. Donc, je pense qu'il est juste de dire que l'enthousiasme du public est grandement dépasse largement la preuve réelle. Mais il existe des preuves qui sous-tendent cet enthousiasme. 

TKF: Jeff, qu'en est-il l'avenir? Allons-nous être en mesure de guérir les maladies?
Vais-je être en mesure d'accélérer le métabolisme de mon microbiome donc je peux manger de la crème glacée et de ne jamais gagner une once? 

Miller : Quand vous regardez les probiotiques qui sont là - bas, ils datent le chemin du retour. Ils ont leurs origines dans la production alimentaire, la fermentation, la fabrication du fromage, et d’autres processus. Donc la question est, ont-ils un avantage pour la santé ou non? Et les résultats sont souvent équivoques. 

Mais ce qui est très différent de regarder ce que nous savons maintenant, et de demander, d'accord, comment voulez-vous concevoir ou remanier ce système? Est-ce qu'un petit consortium de bactéries être une bonne façon de diminuer les tissus adipeux et augmenter la masse musculaire avec un régime alimentaire? Ainsi, comme l'a dit Rob, nous ne sommes pas encore arrivés au point où nous avons appliqué notre compréhension moderne de microbiomes aux probiotiques maintenant sur le marché.Mais le potentiel de le faire est certainement là. 

Donc, pour répondre à votre question, il pourrait guérir les maladies infectieuses. Un excellent exemple est Clostridium difficile la diarrhée induite, qui est causée par les antibiotiques. Le meilleur remède que nous savons est fécaux microbiome transplantation d'un donneur sain. Il est d'environ 90 pour cent efficace, donc nous savons qu'il peut fonctionner. Il est très brut, et la question maintenant est de savoir comment faire mieux grâce à la science plus raffinée, plutôt que des tests empiriques hit-and-miss. 

Chevalier : Il est important de se rappeler que ce ne sont pas seulement pour l'avenir. Il y a des gens qui se promènent, vivant maintenant, qui seraient morts, ils n’avaient pas reçu des greffes de microbiome fécaux.Ceci est vraiment une technologie actuelle qui fonctionne et est cliniquement appliquée maintenant. Et ce que nous devons faire est de leraffiner. Mais ce n'est pas quelque chose qui est à l'avenir, il est quelque chose qui est ici aujourd'hui. 

 TKF: Cela ouvre des questions très intéressantes. Une des choses que nous avons découvertes sur le microbiome humain est qu'il influe sur toutes sortes de choses, depuis le développement du cerveau et de l'obésité au comportement. Ce sont les mêmes choses qui définissent qui nous sommes. Maintenant, nous parlons peut-être la synthèse de microbiomes artificiels. Cela soulève certaines questions éthiques, non?

Miller : Certainement. L’éthique est une énorme, vaste zone. «Ne pas nuire» est la première principale, si nous parlons du pergélisol, l'agriculture ou le tractus gastro - intestinal humain. Et ainsi, les exigences pour reengineering microbiote à utiliser comme un médicament ont obtenu d'être rigoureux et soigneusement contrôlé. Et la sécurité, évidemment, va être la première question. 

Mais il est compliqué, parce que ce sont des systèmes dynamiques. Et la question est, combien de temps des changements de dernière? Que changerait le résultat de faire de ces perturbations, etc.? Nous avons donc besoin de comprendre beaucoup plus avant d'essayer de concevoir et de manipuler à grande échelle. 

TKF: Janet, vous étudiez l'écologie. Pouvez-vous imaginer une intervention écologique à grande échelle en utilisant microbiomes?

Jansson : Avant d’aborder cela, je veux juste revenir à notre discussion précédente sur les probiotiques. En plus de changer notre microbiome, nous pouvons aussi influencer par la nourriture que nous y mettons. Ceci est également une stratégie qui est parfois efficace, mais pas très bien compris. Au lieu d'un probiotique, on appelle ça un prébiotique. Par exemple, vous pouvez manger ce que l’on appelle un hydrate de carbone ou de l’amidon résistant, qui ne sont pas faciles à digérer. Il est donc à votre intestin relativement intact. Cela permet aux micro- organismes dans votre intestin à consommer et fermentent, et qui est bénéfique pour la santé du côlon. 

En ce qui concerne la manipulation en fait un écosystème à grande échelle, cela est, bien sûr, difficile. Il y a eu des gens qui ont parlé de la fertilisation des océans par l'ajout de fer, de tampon ou d'atténuer l'impact de l'augmentation des concentrations de CO2. Mais quand il vient au pergélisol, la façon de prévenir la dégradation du carbone qui est emprisonné là-bas? Cela est difficile. Mais en acquérant des connaissances sur les types d'organismes qui sont là et ceux qui deviennent actifs lorsque le pergélisol commence à fondre, on peut au moins prévoir les conséquences de ces changements.

Chevalier : Juste pour bâtir sur ce que dit Janet, il est important de se rappeler que nous avons déjà radicalement remanié, grâce à l' agriculture, à la fois le sol et les droits de microbiomes sur la majeure partie de la planète. Nous les avons dans les États qui ont sans précédent dans lanature. 

Le problème est que nous ne comprenions pas du tout ce que nous faisions ou ce que nos impacts sur ces microbiomes étaient. Ainsi, il n’est pas que nous ne pouvons pas les changer. Nous sommes déjà en train de changer. Et ont déjà changé. De plus la question, «Peut-on les changer d'une manière plus nuancée et dirigée, où nous avons une meilleure compréhension de la façon dont nous pouvons les changer, au niveau du microbiome, par opposition au niveau industriel ou professionnel?"

TKF: Nous avons parlé de microbiomes impact sur le développement et le comportement. Ce sont les choses qui déterminent notre personnalité. Pendant longtemps, les chercheurs pensaient que notre constitution génétique déterminé ces choses. Comprenons-nous l'interaction entre microbiomes et génome? Janet, vous hochez la tête, alors pourquoi ne pas commencer.

Jansson : Je peux vous dire que cela est une véritable zone chaude de larecherche en ce moment. Mon groupe et plusieurs autres groupes tentent d'établir le lien entre le génome de l'hôte et le microbiome. Je peux dire que des preuves préliminaires - il y a eu quelques publications qui cherchent principalement à des modèles de souris - suggère qu'il y ait un lien. Rob a pris une perspective plus historique, en regardant lesdifférents types de populations humaines et l'impact des modes de vie ancestraux sur microbiomes. Rob, peut - être que vous voulez faire descommentaires à ce sujet ?

Chevalier : Oui. Nous savons que les deux chez la souris et chez l'homme, les habitudes de vie, comme l’alimentation et de l’hygiène enparticulier, ont eu un impact beaucoup plus important que la génétique de l’hôte. Cela est vrai, même si la génétique de l’hôte a encore un impact statistiquement significatif sur les caractéristiques particulières du microbiome, y compris, de façon intéressante, les caractéristiques qui sont associés à l’obésité chez les humains.

Miller : Pour ajouter une chose à ce qu'a dit Rob, nous avons coévolué avec nos communautés microbiennes depuis longtemps avant que nous devenions l'Homo sapiens. Nous avons seulement une douzaine degènes de notre génome pour digérer les hydrates de carbone complexes.Le microbiote dans notre tractus gastro - intestinal apporte des centaines de gènes qui font cela pour nous. Et donc, quand nous mangeons une alimentation saine riche en fibres, ce que nous faisons réellement est compter sur ces consortiums microbiens à digérer que les aliments pour nous, afin que nous puissions prendre quelques - uns des produits et de les utiliser pour l’énergie et d’autres fins. 

TKF: Donc, comme un auditeur demande, il est peut être pas une bonne idée d'utiliser des bactéricides pour tuer les microbes sur toutes les surfaces dans nos maisons?

Miller : Pas une bonne idée pour beaucoup de raisons. Rob, vous secoua la tête, alors je vais vous laisser commencer. 

Chevalier : Eh bien, il est mauvais pour tant de raisons. Tant en termes d'augmentation desbactéries résistantes aux antimicrobiens, parce que les bactéries qui survivent vos tentatives de les tuer peuvent alors se propager ces gènes de résistance à d’autres bactéries qui nous infectent directement. Et aussi parce qu'il ya des preuves, de plus en plus, que le maintien de votre maison augmente trop propre, le risque de maladies auto - immunes, en particulier chez les enfants. 

TKF: Nous dessin à la fin de notre discussion, alors je veux vous poser une dernière question. Vous savez, notre compréhension du microbiome a considérablement changé au cours des 10 ou 15 dernières années. Dites-moi, ce qui a le plus à propos de ce que vous avez découvert surpris? Janet, pourquoi ne commençons-nous pas avec vous?

Jansson : Je pense que la chose qui m'a le plus surpris est l'importance du microbiome par rapport à notre santé, en tant de façons différentes. Ce fut quelque chose qui n'a pas été connu du tout il y a dix ans. Et voilà ce que je vais dire.

TKF: D'accord. Voler?

Chevalier : Les liens entre le microbiome et le comportement. Il y a dix ans, nous avons eu des conseils que le microbiome était liée à la santé.Mais personne ne prédit, du tout, que cela aurait un rôle clé dans lecomportement, en particulier chez les mammifères.

TKF: Et Jeff?

Miller : la diversité. Microbes - si vous étudiez les agents pathogènes, demicrobes bénéfiques, ou de microbes dans un contexte - sont extrêmement divers. Le concept d'une espèce doit être reconsidéré lorsque vous parlez des microbes, parce qu'ils sont non seulement diverses, mais l’échange en permanence l’information génétique. Ils sont vraiment une cible en perpétuel mouvement, et l'étendue de leur diversité fonctionnelle est ahurissante.

TKF: Excellent. Cela est certainement un moment passionnant pour la recherche microbienne. Et je ne l'ai même pas eu à demander la meilleure question, qui est, "Comment le microbiome dans notre intestin déterminer notre comportement?"

Chevalier : Nous ne savons pas comment ça se passe, et voilà pourquoi nous avons besoin d’une initiative Unified microbiome.