Les maladies auto-immunes sont multifactorielles de leur cause, avec un mélange de facteurs génétiques et environnementaux qui jouent souvent un rôle.
Comme conditions multifactorielles sont en partie causées par des facteurs génétiques, maladies auto-immunes ont tendance à courir dans les familles. Les facteurs environnementaux tels que les virus ou la lumière du soleil déclenchent alors une réponse immunitaire chez les personnes génétiquement prédisposées.
Quand un individu dans une famille a une maladie auto-immune, d'autres membres de la famille sont alors à un risque accru d'auto-immunité. Cependant, des individus génétiquement sensibles ne vont pas toujours de développer une maladie auto-immune.
Il existe trois principaux groupes de gènes qui sont pensés pour augmenter le risque de maladies auto-immunes en développement. Ces gènes sont associés à des récepteurs de cellules T, les immunoglobulines et les complexes majeurs d'histocompatibilité.Immunoglobulines et les récepteurs de cellules T jouent un rôle important pour la reconnaissance des antigènes et sont très variables afin de permettre la variation massive antigènes que le système immunitaire doit être en mesure de cibler. Toutefois, ce nombre de variantes peut également donner lieu au développement de lymphocytes qui sont capables d'auto-réactivité.
Au fil des ans, divers chercheurs comme McDevitt, Nepom, Bell et Todd ont fourni des preuves suggérant que certains allotypes CMH de classe II sont fortement associées à certaines conditions. Les exemples incluent:
• HLA DR2 est positivement associée à lupus érythémateux disséminé (SLE), la sclérose en plaques et la narcolepsie, alors qu'il est inversement associée au diabète sucré de type I.
• HLA DR3 est fortement associée à la myasthénie grave, SLE, le diabète de type I et le syndrome de Sjögren.
• HLA DR4 est fortement associée à diabète de type 1 , pemphigus vulgaire et la polyarthrite rhumatoïde.
Les corrélations entre les maladies auto-immunes et les molécules CMH de classe I sont moins fréquentes, mais un exemple notable est l'association entre la spondylarthrite ankylosante et HLA B27.
En ce qui concerne les gènes qui existent à l'extérieur du complexe du CMH, des gènes qui contribuent au développement de l'auto-immunité sont actuellement à l'étude dans des modèles animaux de diabète et SLE. Un développement récent est que le gènePTPN22, qui code pour la protéine tyrosine phosphatase, type non-récepteur 22, est associée à diverses maladies auto-immunes, y compris différentes SLE, la polyarthrite rhumatoïde, le diabète de type 1, le vitiligo, l'arthrite psoriasique et la maladie de Grave.