Jusqu'à aussi récemment que le 18ème siècle, la croyance que l'embryon existe comme une entité préformée contenue dans le sperme était commun.
Ce concept, dénommé "préformation" jugé que, un être humain miniature préformé ou «homonculus" a été planté dans la femme pendant les rapports sexuels, qui a ensuite grandi dans un plus grand étant tel qu'il se développa pendant la grossesse. La théorie en compétition pour le développement des embryons, épigenèse, a été proposée par Aristote 2000 années auparavant. Epigenesis se réfère à la mise au point qui se déroule d'un oeuf ou de semences à travers la division cellulaire et la formation des organes.
Avec les avancées de microscopie pendant le 19ème siècle, un nombre croissant de biologistes pourraient examiner l'embryon et le voir changer pendant qu'il se déplaçait à travers les différents stades de développement. Finalement, la théorie de la préformation a été abandonnée au profit de la notion de l'épigenèse.
Outre la forme Aristote, la plupart des travaux en début d'embryologie a été réalisée par d'autres grands anatomistes italiens, dont Léonard de Vinci, Aldrovandi, Aranzio, Marcello Malpighi, Gabriele Falloppia, Emilio Parisanoand plus. Pionniers les plus récentes de l'embryologie comprennent Charles Darwin, Gavin de Beer, Ernst Haeckel, JBS Haldane, et Joseph Needham.
Un nouveau bail de la vie a été insufflé dans le domaine de l'embryologie, après les années 1950, lorsque la structure de l'ADN hélicoïdal a été découverte. Cette augmentation de la connaissance dans le domaine de la biologie moléculaire qui a conduit à l'émergence de la biologie du développement. La biologie du développement examine les corrélations entre les gènes et les changements morphologiques qui se produisent dans l'embryon.
