La cytométrie en flux sur la base de l'impédance et en utilisant le principe de Coulter a d'abord été mis à la disposition Wallace H. Coulter aux États-Unis sous le numéro de brevet 2, 656,508 en 1953.
Le dispositif à base de fluorescence était la première ICP 11 qui a été développé en 1968 par Wolfgang Gohde de l'Université de Münster. Il est devenu disponible dans le commerce en 1968 et 1969 quand il a été fabriqué par le développeur allemand Partec travers Phywe AG à Göttingen. À l'époque, les méthodes d'absorption traditionnelles étaient encore généralement préférées des techniques de fluorescence.
En 1965, Mack Fulwyler développé le cytomètre de flux qui est devenu le précurseur aux instruments d'aujourd'hui. En particulier, il était responsable de la création d'un séparateur électronique sur le volume de la cellule. Cet instrument peut séparer les cellules en fonction du volume de la cellule et électronique déviation électrostatique également utilisé pour la séparation et le tri. Il a été appelé le Los Alamos flux Microfluorometer.
En 1969, Phywe AG de Göttingen a produit le premier flux commercial cytomètre construit autour d'un microscope à fluorescence Zeiss.
En 1970, le cytomètre commerciale, l'cytographe, a utilisé le système de laser He-Ne à 633 nm pour la dispersion et est devenu le premier instrument commercial pour intégrer un laser. Cet instrument pourrait séparer et trier en direct et les cellules mortes en fonction de l'absorption du bleu Trypan. Ceci a été suivi par une version de la fluorescence appelé Cytofluorograph, qui a été développé dans un dispositif avec un laser à argon refroidi à l'air à 488 nm.
Le cytomtery basé sur la fluorescence a été appelé auparavant cytophotométrie d'impulsion ou impulszytophotometrie en allemand. En 1976, huit ans après le premier cytomètre de flux à base de fluorescence a été introduit, il a été convenu lors de la Conférence de la Fondation américaine de génie à Pensacola, en Floride, que le nom "cytométrie en flux" pourrait être utilisé, un terme qui est rapidement devenu populaire.
