Les salmonelles sont mobiles, bacilles à Gram négatif qui peut infecter ou de coloniser une vaste gamme d'hôtes de mammifères. Depuis sa découverte, ces bactéries fascinés la communauté médicale, principalement en raison de la diversité antigénique au sein du genre, qui a conduit à l'attribution des isolats à plus de 2500 sérotypes différents.
La création de la génétique de Salmonella peut être retracée à des découvertes et des descriptions de phénomènes remarquables de la variation antigénique dans ce genre. La seconde époque est venue avec le succès dans le transfert du facteur de fertilité de E. coliet Salmonella à la formation d'hybrides entre eux, qui a été utilisé pour la construction de la carte du chromosome de ce micro-organisme.
Génome de base et les éléments mobiles
Toutes les souches de salmonelles ont un seul chromosome (environ 4,5 Mo de taille) avec un ensemble de gènes clés qui exercent des fonctions «ménages» associés à la vie de la colonisation intestinale et la survie de l'environnement. Ces gènes peuvent également avoir un rôle central dans le métabolisme, la biosynthèse du polysaccharide, ou peuvent coder pour des protéines structurelles communes.
Dispersés le long du génome de noyau sont des blocs de gènes (ou même des gènes uniques dans certains cas) qui montrent peu ou pas d'homologie avec le génome du noyau. Souvent désigné comme «îlots de pathogénicité", ces gènes ont une teneur en guanine-cytosine différente par rapport au génome de base et d'agir pour améliorer le potentiel de virulence d'une espèce dans son ensemble.
Différentes souches de Salmonella peuvent également abriter l'ADN extra-chromosomique dans la forme de plasmides. Ils font partie du génome flexible, définie par la grande plasticité et la modularité de ses éléments génétiques. Les plasmides sont souvent porteurs de gènes associés à la virulence ou la résistance aux antibiotiques, et sont classés en fonction des groupes d'incompatibilité (basé sur l'incapacité des plasmides semblables à coexister dans la même cellule).
Bactériophages ou des virus bactériens, qui peuvent mobiliser l'ADN, semblent être l'un des moteurs essentiels de la diversité de ces micro-organismes. Faible poids moléculaire des plasmides à copies multiples sont omniprésents dans Salmonella et certains d'entre eux se sont révélés augmenter la résistance aux infections bacteriophage raison de la présence de systèmes de modification.
Les interactions complexes entre les îlots de pathogénicité, bactériophages, plasmides et autres éléments mobiles sont de plus en plus observées dans Salmonella genre. La séparation des gènes variants de base et a donné lieu à une compréhension biologique fondamental dans la base génétique de la similitude et de la diversité phénotypique de cet agent pathogène.
La résistance aux antimicrobiens
Les gènes de résistance trouvés dansSalmonella sont étroitement liés ou même impossibles à distinguer de celles trouvées dans d'autres bactéries. Les problèmes causés par la résistance croissante comprennent non seulement les difficultés apparentes à la thérapie antimicrobienne, mais aussi la prédilection de l'organisme à causer des maladies graves.
Une raison dominante de la résistance aux antimicrobiens plus élevé observé dans Salmonella Typhimurium est l'émergence d'une souche multirésistante distincte de phage type définitif 104 (DT104) Salmonella Typhimurium aux Etats-Unis et en Europe dans la dernière décennie du siècle précédent. En outre, des plasmides hybrides virulence de résistance ont été isolés dans les sérotypes Typhimurium, Enteritidis et Choleraesuis qui ont été trouvés en Italie, Espagne, Taiwan, République tchèque et Royaume-Uni.
Une enquête de l'évolution moléculaire de multirésistance dans salmonelles non typhoïdes a montré que l'acquisition et l'accumulation des déterminants de la résistance de médiation plasmidique progressive surgi à la suite de l'échange de plasmides et d'autres éléments mobiles entre Salmonella et d'autres membres de la famille des entérobactéries.
Génotypique et le typage basée sur la séquence
Lers méthodes de typage génétique des salmonelles sont basées sur des outils moléculaires et peuvent être divisés en analyse chromosomique (ribotypage, IS200 dactylographie et macrorestriction de l'ADN génomique par pulsé gel électrophorèse en champ dactylographie) et l'analyse extra (plasmide de profilage et de digestion de restriction des plasmides).
L'utilisation de l'électrophorèse en champ pulsé (ECP) est devenue l'étalon-or pour la comparaison mutuelle des différents isolats qui peuvent être utilisés à l'échelle internationale, principalement en raison du progrès substantiels dans la normalisation des méthodes. En outre, les données de frappe peuvent être stockées dans silico comme matériel de référence ou pour toute autre comparaison.
Le profil plasmidique a son utilisation dans le sous-typage de Salmonella au cours des enquêtes sur les éclosions. Comme simple comparaison des profils plasmidiques peut parfois être trompeuse, les isolats sont souvent plus discriminés par digestion de restriction des plasmides apparemment similaires. Il est important de noter que les souches peuvent contenir plus d'une espèce de plasmide de la même taille.
Les régimes de typage fondé sur les séquences peuvent également être considérés comme des régimes de classification, ainsi génétiques et même des conclusions évolutives peuvent être faites. Techniques de typage à base de séquence d'ADN contemporaines comprennent la détection de séquences répétées d'ADN et des polymorphismes d'un nucléotide simple. Nombre variable de répétitions en tandem variation (VNTR) fournit des données sur le nombre de copies de courtes séquences répétitives d'isolats individuels.
