La gastroentérite infectieuse aiguë représente une cause majeure de mortalité infantile dans le développement des régions du monde et de morbidité infantile dans les pays développés. La condition peut être causée par une myriade de micro-organismes différents, mais les virus sont de plus en plus reconnus comme facteurs étiologiques prédominants. Parmi eux, le rotavirus est la principale cause de gastro-entérite aiguë chez les nourrissons et les jeunes enfants à travers le monde.
Le nom provient du rotavirus aspect caractéristique en forme de roue du virus lorsque observé par microscopie électronique, qui est dérivé du mot latin "Rota", qui signifie «roue». Ce pathogène a été initialement découvert en bovins diarrhéiques, des souris et des singes, et enfin chez les nourrissons et les jeunes enfants en 1973 par l'évêque et Flewett.
Structure du virus
Le génome du rotavirus contient 11 segments d'ARN double brin avec 18 555 paires de bases. Chacun de ces segments est un gène, numérotés de 1 à 11 par réduction de la taille. Tous les codes de segments de génomes pour une protéine nécessaire pour le cycle de vie virale, sauf pour le segment 11 génomes qui code pour deux protéines.
Cette nature segmentée du génome du rotavirus est un terrain fertile pour haute fréquence de réassortiment génétique au cours des infections mixtes - une fonction qui est capable de générer de nouvelles souches de virus, peut-être plus dangereux.Néanmoins, la quantité de réassortiment de gènes existant dans la nature ne sont pas complètement connus, comme quelques génomes rotavirus ont été séquencés jusqu'à présent.
Le matériel génétique se trouve à l'intérieur d'un 70-nanomètre nucléocapside virale complexe avec trois enveloppes concentriques: un noyau interne, une capside interne et une capside externe. Soixante pics entre 10 et 12 nm de longueur font saillie à partir de la capside externe.
Les protéines virales VP1, VP2, VP3, VP4, VP6 et VP7 sont les protéines structurelles qui forment le virion. Les protéines non structurales (produits par la cellule infectée par le rotavirus) sont NSP1, NSP2, NSP3, NSP4, nsP5 et NSP6. Au moins six des douze protéines mentionnées ci-dessus se lient l'ARN, avec d'importantes fonctions dans la replication du rotavirus.
Classification
Les rotavirus sont une partie du genre rotavirus, qui est l'un des 15 genres de la familledes Reoviridae, subdivisé en sous-familles de la Sedoreovirinae (avec genres rotavirus, Orbivirus, phytoreovirus, Cardoreovirus, Mimoreovirus et Seadornavirus) et leSpinareovirinae (avec genres Coltivirus, Orthoreovirus, Aquareovirus, Oryzavirus, Dinovernavirus, cypovirus, Fijivirus, Mycoreovirus et Idnoreovirus).
Selon le Comité international de taxonomie des virus (ICTV), le rotavirus peuvent être classés en sept groupes distincts (de A à G), ainsi que 4 sous-groupes spécifiques au sein du groupe A. Groupes A-C peut être trouvé dans les humains et animaux, tandis que les rotavirus des groupes D-G se limitent exclusivement aux animaux.
Comme le groupe A est le plus important pour l'infection et la maladie humaine, il a été classé en utilisant en outre différentes approches. Deux protéines de la capside externe, VP4 (la protéine clivée par une protéase ou la protéine P) et VP7 (glycoprotéine ou la protéine G) sont les déterminants de la classification de sérotype viral, connu sous le nom de P-serotypes et les sérotypes G.
En outre, ce groupe est également classé selon le modèle de migration des segments du génome de l'ARN au cours de l'électrophorèse sur gel de Polyacrylamide, de motifs complets du génome ARN d'hybridation (de génogroupes), ainsi que des analyses de séquence de nucléotides ou génotypes. En 2008, un système de classification complète du génome à base de la séquence nucléotidique a été développé pour des souches de ce groupe.
